一、身分認定原則上皆以給付時為認定基礎，但為考量所得屬性及實務運作，仍有下列之例外情形：
(一)雇主股利所得可扣除已列入投保金額計算保險費部分之身分認定：必須回歸股利之盈餘所屬年度之身分，始符合得扣除已列入投保金額之立法精神。例如102年股利係發放101年盈餘時，必須是101年以雇主身分於該公司加保，才可以自該筆股利扣除其任雇主期間的投保金額總額後，計算補充保險費。
(二)獎金發放予離職員工之身分認定：獎金是由原所屬投保單位發放，惟因撥付時點遞延，致發放時受領員工已離職，此種狀況下，計算及扣取補充保險費方式，比照其他仍在職之員工辦理，至於4個月投保金額之比對基礎，依其退保時之投保金額計算。

二、健保署網站提供免扣繳身分查詢：為便利扣費義務人辨認所得給付對象是否具免扣取補充保險費身分，健保署已於補充保險費作業專區(https://eservice.nhi.gov.tw/2nd/)之補充保險費網路明細申報及列印繳款書系統，提供扣費義務人使用電子憑證線上查詢，而該查詢確認之資料，自查詢確認之日起二個月內有效。